MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_FPR3757 plasmid pUSA03

Total Repeats: 157

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007792	TA	4	8	5	12	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_007792	TA	3	6	24	29	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007792	TCA	2	6	37	42	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_007792	A	8	8	1080	1087	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007792	TCT	2	6	1171	1176	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_007792	AT	3	6	1869	1874	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007792	T	6	6	1890	1895	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_007792	ATAGT	2	10	1921	1930	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_007792	TA	3	6	1999	2004	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007792	CTA	2	6	2005	2010	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_007792	AGT	2	6	2025	2030	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007792	TAT	2	6	2034	2039	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_007792	ACTTT	2	10	2041	2050	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_007792	AT	3	6	2056	2061	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_007792	AGG	2	6	2146	2151	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007792	TAG	2	6	5258	5263	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007792	TCT	2	6	5726	5731	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_007792	T	6	6	6445	6450	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007792	TA	3	6	6498	6503	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007792	AGA	2	6	6508	6513	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007792	GAT	2	6	6545	6550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_007792	TTTG	2	8	6566	6573	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_007792	T	9	9	6621	6629	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007792	A	6	6	7186	7191	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007792	A	6	6	7337	7342	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_007792	A	7	7	7350	7356	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007792	CAT	2	6	7358	7363	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_007792	TTGG	2	8	7425	7432	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_007792	GT	3	6	7448	7453	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007792	CAAC	2	8	7496	7503	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_007792	AC	4	8	7522	7529	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_007792	CCAA	2	8	7536	7543	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_007792	A	7	7	7596	7602	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_007792	AC	3	6	7615	7620	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_007792	CTTT	2	8	7693	7700	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_007792	T	6	6	7698	7703	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_007792	A	7	7	7709	7715	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_007792	TC	3	6	7729	7734	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_007792	AAT	2	6	7748	7753	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_007792	TCA	2	6	7787	7792	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_007792	AGG	2	6	7839	7844	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_007792	A	6	6	7845	7850	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007792	T	6	6	8649	8654	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_007792	CTT	2	6	8684	8689	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_007792	TA	3	6	8693	8698	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007792	AGCGA	2	10	8705	8714	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_007792	AGC	2	6	8729	8734	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_007792	TCT	2	6	8888	8893	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_007792	T	6	6	9607	9612	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007792	CCT	2	6	9878	9883	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_007792	ACATG	2	10	9932	9941	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_007792	A	6	6	9949	9954	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_007792	A	6	6	9958	9963	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007792	ACATG	3	15	9976	9990	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_007792	ACA	2	6	11350	11355	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_007792	AGG	2	6	19518	19523	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007792	ACATG	3	15	21651	21665	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_007792	GGT	2	6	21702	21707	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007792	T	6	6	23068	23073	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_007792	A	6	6	23074	23079	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_007792	TATAA	2	10	23265	23274	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_007792	TCT	2	6	23291	23296	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_007792	T	6	6	24010	24015	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_007792	AAC	2	6	24070	24075	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_007792	AAT	2	6	24083	24088	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007792	AGG	2	6	24091	24096	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007792	TTATT	2	10	24760	24769	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007792	AAT	2	6	26058	26063	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007792	TAT	2	6	26580	26585	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_007792	TATT	2	8	26595	26602	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007792	TAT	2	6	26664	26669	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_007792	ATA	2	6	26705	26710	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007792	ATATA	2	10	27399	27408	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007792	AAGAA	2	10	27412	27421	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_007792	TAC	2	6	27452	27457	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_007792	GAAA	2	8	27555	27562	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_007792	AGG	2	6	27598	27603	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007792	T	6	6	27619	27624	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007792	A	6	6	28436	28441	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_007792	T	6	6	28446	28451	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_007792	TATT	2	8	28457	28464	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_007792	A	7	7	28541	28547	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_007792	TA	3	6	30234	30239	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007792	AGA	2	6	30272	30277	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_007792	TA	3	6	30319	30324	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007792	A	6	6	30330	30335	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007792	GTA	2	6	30374	30379	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_007792	AAG	2	6	32107	32112	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007792	CTT	2	6	32123	32128	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_007792	T	7	7	32127	32133	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007792	TGA	2	6	32213	32218	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_007792	TA	3	6	32221	32226	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_007792	ATTAAA	2	12	32254	32265	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_007792	TTA	2	6	32289	32294	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007792	TTG	2	6	32305	32310	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_007792	ATT	2	6	32323	32328	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_007792	CTA	2	6	32343	32348	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_007792	AAT	2	6	32474	32479	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007792	TTA	2	6	32522	32527	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_007792	AAC	2	6	32549	32554	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_007792	TA	3	6	32569	32574	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_007792	TCA	2	6	32585	32590	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_007792	AATT	2	8	32665	32672	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_007792	GTT	2	6	32673	32678	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_007792	TCA	2	6	32720	32725	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_007792	AAT	2	6	32732	32737	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_007792	CAT	2	6	32751	32756	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_007792	AAT	2	6	32757	32762	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_007792	TAA	2	6	32810	32815	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_007792	CAT	2	6	32862	32867	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_007792	T	7	7	32882	32888	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_007792	ATT	2	6	33031	33036	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_007792	T	6	6	33084	33089	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_007792	CAT	2	6	33090	33095	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_007792	TGAT	2	8	33109	33116	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_007792	T	6	6	33181	33186	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_007792	ATCT	2	8	33219	33226	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_007792	A	6	6	34159	34164	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_007792	AAAT	2	8	34184	34191	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_007792	AATT	2	8	34196	34203	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_007792	AACGT	2	10	34229	34238	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_007792	TAATAT	2	12	34632	34643	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_007792	AAT	2	6	34660	34665	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_007792	AGT	2	6	34690	34695	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_007792	AGG	2	6	34711	34716	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_007792	TAT	2	6	34720	34725	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_007792	TAT	2	6	34731	34736	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_007792	T	6	6	34781	34786	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_007792	TAT	2	6	34795	34800	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_007792	GT	3	6	34801	34806	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
131	NC_007792	TTC	2	6	34860	34865	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_007792	TAT	2	6	34903	34908	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_007792	ACATG	3	15	34978	34992	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_007792	TAA	2	6	34993	34998	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_007792	AAG	2	6	35021	35026	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_007792	TAAA	2	8	35038	35045	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_007792	GTT	2	6	35051	35056	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_007792	T	7	7	35058	35064	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_007792	CA	3	6	35068	35073	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_007792	TA	3	6	35075	35080	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_007792	TA	3	6	35085	35090	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_007792	AT	3	6	35106	35111	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_007792	AT	3	6	35116	35121	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_007792	AT	3	6	35128	35133	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_007792	TA	3	6	35147	35152	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_007792	TTA	2	6	35169	35174	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_007792	ATA	2	6	35199	35204	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_007792	AT	3	6	36881	36886	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_007792	CAA	2	6	36950	36955	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_007792	A	6	6	36954	36959	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_007792	T	7	7	36967	36973	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_007792	GTT	2	6	37022	37027	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
153	NC_007792	ATA	2	6	37047	37052	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_007792	TTTG	2	8	37073	37080	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
155	NC_007792	TAT	2	6	37087	37092	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_007792	AT	3	6	37091	37096	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_007792	CAA	2	6	37125	37130	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.